Biskupské lesy se organizačně člení na ústředí sídlící v Ostravě a čtyři podřízená střediska – lesní správu Ostravice, lesní správu Vrbno pod Pradědem, oboru Hukvaldy a farní lesy.
Beskydskou část lesních majetků Biskupství ostravsko-opavského obhospodařuje lesní správa Ostravice, jesenickou pak lesní správa Vrbno pod Pradědem. Účelové hospodaření se zaměřením na myslivost je zajišťováno v oboře Hukvaldy a odborné lesnické činnosti na pronajatých majetcích římskokatolických farností vykonává středisko farních lesů.